Jalinan Kerjasama Saat ini IUQI telah menjalin kerjasama dengan berbagai institusi/perguruan tinggi 

lain, baik dalam dan luar negeri, antara lain dengan:

1. Dagestan State University (Dagestan, Rusia)

2. Humanitarian Pedagogical College (Makhachkala, Dagestan, Rusia)

3. Moscow Islamic Institute (Moscow, Rusia)

4. Universitas Darussalam Gontor (Jawa Timur)

5. Universiti Sains Islam (Malaysia)

6. Muassasah Ath-Thaqafah Islamiah (Pattani, Thailand)

7. Universitas Ibn Khaldun (Bogor, Jawa Barat)

8. Universitas Pamulang (Tangerang, Banten)

9. Institut Agama Islam Agus Salim (Metro, Lampung), dll.